Od 2004. do 2010. zaposlen je na Hrvatskom institutu za povijest kao znanstveni novak, a od 2010. kao nastavnik u znanstveno-nastavnim zvanjima na Fakultetu hrvatskih studija. U dva mandata (2010-2012, 2014-2016) bio je pročelnik Odjela za hrvatski latinitet.

Usavršavao se u Rimu, Segedinu, Budimpešti, Leuvenu i Innsbrucku. Sudjelovao je na desetak znanstvenih projekata, programa i istraživanja, a vodio je tri istraživanja financirana od Sveučilišta u Zagrebu.

Objavio je tri knjige (od kojih je jedna, napisana u koautorstvu s Pavlom Knezovićem, sveučilišni udžbenik), četiri uredničke knjige, četrdesetak članaka u časopisima i zbornicima, petnaestak prikaza i dvadesetak prijevoda s latinskoga. Izlagao je na četrdesetak znanstvenih i stručnih skupova u zemlji i inozemstvu te održao pet javnih predavanja.

Glavni su mu istraživački interesi latinska (osobito novolatinska) lingvistika, makaronski latinski i digitalna humanistika.

Osobna stranica

Od listopada 2021. do rujna 2023. bio je zaposlen kao poslijedoktorand na projektu „Rituali, ceremonije i simboli hrvatskog srednjovjekovlja u europskom kontekstu (800–1600)“, koji financira Hrvatska zaklada za znanost, a vodi prof. Robert Kurelić na Sveučilištu Jurja Dobrile u Puli.

Godine 2020. zajedno s prof. Nevenom Budakom pokrenuo je istraživački projekt Fontes Istrie medievalis, koji financira Istarska županija i Regija Veneto, čiji je cilj kritičko objavljivanje svih pisanih povijesnih izvora relevantnih za srednjovjekovnu Istru. Mrežna baza projekta danas broji preko dvjesto kritičkih izdanja povijesnih izvora.

Autor je nagrađene monografije Barmecidal Margraviate (Zagreb: Srednja Europa, 2023.) te suurednik knjige Statut Buja iz 1427. godine (Buje: Humaniora, 2023.). Objavio je dvadesetak znanstvenih radova u recenziranim časopisima i zbornicima te izlagao na petnaestak međunarodnih znanstvenih skupova u Hrvatskoj, SAD-u, Ujedinjenom Kraljevstvu, Italiji i drugdje. Istraživao je u arhivskim ustanovama u Hrvatskoj, Sloveniji, Italiji i Austriji. Glavni su mu istraživački interesi srednjovjekovna povijest Istre i sjevernog Jadrana, mletačko-istarski odnosi, komunalna povijest te diplomatika i kritičko izdavanje povijesnih izvora. Vješt je paleograf specijaliziran za srednjovjekovni latinski i pisma razvijenog i kasnog srednjeg vijeka (karolina, gotica, rana humanistika). Aktivno se služi engleskim, talijanskim jezikom i slovenskim jezikom, a pasivno njemačkim i francuskim.

Sada je izvanredni profesor i predstojnik Katedre za pomoćne povijesne znanosti i metodologiju historije na Odsjeku za povijest Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Bio je obnašatelj dužnosti prodekana za organizaciju i razvoj Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Vanjski je suradnik Katoličkog bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu i član Znanstvenog centra izvrsnosti za hrvatsko glagoljaštvo pri Staroslavenskom institutu u Zagrebu. Suradnik Leksikografskog zavoda Miroslav Krleža u Zagrebu i  član stručne radne skupine za povijest pri Nacionalnom centru za vanjsko vrednovanje obrazovanja u Zagrebu. Tajnik je i član Predsjedništva Hrvatskog nacionalnog odbora za povijesne znanosti, krovne strukovne organizacije hrvatskih povjesničara. Član je Upravnog vijeća Hrvatskoga državnog arhiva u Zagrebu i Glavnog odbora Matice hrvatske te pročelnik njezina Odjela za povijest. Proučava hrvatsku srednjovjekovnu povijest i pomoćne povijesne znanosti, hrvatsko glagoljaštvo te posebice povijest otoka Krka. Autor/koautor desetak knjiga i stotinjak znanstveno-stručnih radova, urednik više zbornika te organizator znanstvenih skupova. Sudjelovao s referatom na 80-ak domaćih i međunarodnih znanstvenih skupova i javnih predavanja (Leeds, Bruxelles, Washington, New York, Chicago, Boston, San Francisco, New Orleans). Bio na kraćim stipendijama u Mađarskoj (Budimpešta), Italiji (Spoleto), Vijetnamu (Hanoi) i Sjedinjenim Američkim Državama. Jedan od pokretača i urednika nakladničke serije povijesnih izvora Monumenta glagolitica Tertii ordinis regularis sancti Francisci in Croatia (»Glagoljski spomenici Trećega samostanskog reda sv. Franje u Hrvatskoj«). Glavni je urednik znanstvenog časopisa Krčki zbornik Povijesnog društva otoka Krka, član uredništva časopisa Fontes. Izvori za hrvatsku povijest te Matičina časopisa Hrvatska revija. Glavni je urednik časopisa Bašćina Društva prijatelja glagoljice u Zagrebu. Urednik područja povijest pri Izdavačkom savjetu FF-pressa Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Dobitnik Državne nagrade za znanost za 2004. godinu. Član je Association for Croatian Studies – ACS (Cambridge, Massachusetts, USA) i Association for Slavic, East European, & Eurasian Studies – ASEEES (University of Pittsburgh, Pittsburgh, Pennsylvania, USA), član je Predsjedništva Povijesnog društva otoka Krka i Hrvatskog grboslovnog i zastavoslovnog društva te počasni član Društva Krčana i prijatelja otoka Krka i Senjskog muzejskog društva.

Godine 2014. doselila je u Pulu. Niz godina radila je kao nastavnica Latinskoga jezika, a od 2024. godine zaposlena je u Arhivu Srba u Hrvatskoj. Tajnica je i članica Upravnog odbora Istarskog povijesnog društva, članica Hrvatskog društva klasičnih filologa, te članica Mense. Dobitnica je više prestižnih i vrlo selektivnih stipendija.

Njezini brojni znanstveni i stručni radovi, poglavlja u knjigama te enciklopedijski prilozi, od kojih su neki objavljeni i u eminentnim međunarodnim izdanjima, pokrivaju širok spektar tema, pri čemu posebno treba naglasiti njihovu orijentiranost na pitanja od šireg društvenog značja za današnjicu: pored mnogih ostalih, položaj žena ili očuvanje i promociju antičkog kulturno-povijesnog nasljeđa balkansko-jadranske regije. Recenzirala je zbornike i znanstvene radove za hrvatske i inozemne edicije. Izlagala je na mnogim znanstvenim skupovima u Hrvatskoj i izvan nje. Njezin najveći pothvat je priređivanje kapitalnog djela “Apostolska vizitacija Pulske biskupije biskupa Augustina Valiera 1580. godine”.

Dr. Joksimović trajno je posvećena živoj zajednici u kojoj stvara. Njezina nastojanja u popularizaciji znanosti, posebice humanistike, ogledaju se u nizu održanih popularno-znanstvnih predavanja. Autorica je višejezične interaktivne slikovnice i bojanke o pulskoj Areni, odnosno gladijatorima. Osmislila je i inicirala izložbu učeničkih radova na temu antičke zavičajne baštine ‘Šareni trijem’ u kojoj već četvrtu godinu zaredom sudjeluju nastavnici i učenici brojnih hrvatskih osnovnih i srednjih škola. Govornica je žive latinske riječi, a izvrsno se služi engleskim, talijanskim i slovenskim jezikom. Milena Joksimović u braku je s Darkom Komšom od 2014. godine; supružnici imaju dvojicu sinova, Andriju i Nikolu.

Član je Hrvatskog muzejskog vijeća od 2016., a njegov predsjednik od 2018. godine. Od 2018. godine član je Hrvatskog vijeća za kulturna dobra.

Sudjelovao je u radu više od 100 domaćih i stranih stručnih i znanstvenih skupova. Autor je 135 znanstvenih i stručnih radova, objavljenih u domaćim i stranim časopisima. Sudjelovao je na više od 50 arheoloških istraživanja, većim dijelom kao voditelj. Samostalni je autor tri izložbe te koautor nekoliko zajedničkih izložbi i prezentacija eksperimentalne arheologije.

U anale hrvatske arheologije Darko Komšo se upisao otkrivši prapovijesne slikarije u Romualdovoj pećini u Istri, jedine takve na području Hrvatske. Za taj pronalazak je dobio nagradu Hrvatskog arheološkog društva za promicanje hrvatske arheologije u zemlji i svijetu.

Član je Koordinacije za zavičajnu nastavu Istarske županije, Partnerskog vijeća urbanog područja Pule te Povjerenstva za kulturne manifestacije u spomenicima kulture grada Pule. Bio je članom Upravnog vijeća Arheološkog muzeja Osijeka te predsjednikom Muzejskog vijeća Arheološkog muzeja u Zadru. Od  2005. do 2009. bio je predstavnik Istarske i Primorsko-goranske županije u Središnjem odboru Hrvatskog arheološkog društva i obavljao funkciju muzejskog matičara druge razine. Aktivno se služi engleskim i talijanskim jezikom.

Tijekom rada sudjelovala je u brojnim arheološkim istraživanjima: sustavnim, zaštitnim i probnim iskopavanjima, arheološkim nadzorima te arheološkim pregledima terena, u svojstvu voditelja ili člana ekipe. Sustavno radi na stručnoj obradi, istraživanju, zaštiti te prezentaciji muzejske građe novoga vijeka. Objavila je stručne i znanstvene radove te popratne kataloge izložbi, kojih je bila autorica. Sudjelovala je na znanstvenim skupovima te na brojnim stručnim usavršavanjima i radionicama. Interes njena proučavanja je novovjekovna arheološka građa, s primarnim fokusom na kamene spomenike.

Punih je dvadeset godina (1977. – 1997.) radila kao stručnjak za srednjovjekovnu građu u Zavodu za povijesne znanosti Jugoslavenske (danas Hrvatske) akademije znanosti i umjetnosti u Zagrebu. Potom se zaposlila na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu na čijem je Odsjeku za povijest prošla sva znanstveno-nastavna zvanja. S fakulteta je otišla kao redovita profesorica u trajnom zvanju i predstojnica Katedre za pomoćne povijesne znanosti i metodologiju historije. Potom je izabrana za redovitu profesoricu u trajnom zvanju i predstojnicu Odsjeka za povijest Fakulteta hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu. Nastavu je držala na preddiplomskom, diplomskom i doktorskom studiju na matičnom sveučilištu te na Sveučilištu u Splitu, Sveučilištu u Dubrovniku i Hrvatskom katoličkom sveučilištu u Zagrebu. Njezina znanstvena djelatnost, od prvih objavljenih radova u drugoj polovini 1970-ih do danas, obuhvaća nekoliko tematskih područja: pomoćne povijesne znanosti (diplomatika, paleografija, epigrafija, egdotika, heraldika), Toma Arhiđakon i njegova Salonitanska povijest – Historia Salonitana te hrvatska srednjovjekovna povijest u cjelini.

Uz dvjestotinjak objavljenih znanstvenih i stručnih radova, pet autorskih (Toma Arhiđakon i njegovo djelo. Rano doba hrvatske povijesti, 2002.; Studia diplomatica. Rasprave i prinosi iz hrvatske diplomatike, 2014.; kapitalno izdanje Splitski evangelijar / Evangeliarium Spalatense, 2016.; Studia mediaevalia selecta. Rasprave i prinosi iz hrvatske srednjovjekovne povijesti, 2020.; Studia epigraphica selecta. Rasprave i prinosi iz hrvatske srednjovjekovne epigrafije, 2023.) i nekoliko koautorskih knjiga (Branimirova Hrvatska u pismima pape Ivana VIII., 1989., ²1990.; Codex diplomaticus Regni Croatiae, Dalmatiae et Slavoniae, vol. XVIII, 1990.; Codex diplomaticus Regni Croatiae, Dalmatiae et Slavoniae. Supplementa, vol. I-II, 1998., 2002.; Hrvatska i Nin u doba kneza Branimira, 1999., ²2005.; Historia Salonitana: Thomae Archidiaconi Historia Salonitanorum atque Spalatinorum pontificum, 2003.; Archdeacon Thomas of Split, History of the Bishops of Salona and Split, 2006.) referirala je na stotinjak domaćih i međunarodnih znanstvenih skupova te održala brojna javna predavanja. Surađivala je u radu nekoliko znanstvenih projekata te bila voditeljica znanstvenoga projekta Mediaevalia Croatica (MZOS 130-1300637-0647). Radovima Latinski natpisi i Latinska epigrafička baština doprinijela je realizaciji prvim dvama svescima Akademijina projekta i kapitalnoj ediciji Hrvatska i Europa. Izabrani je član predsjedništva Hrvatskoga nacionalnog odbora za povijesne znanosti u Zagrebu i Odbora za hrvatski latinitet Razreda za filološke znanosti HAZU. Bila je članica nekoliko povjerenstva Ministarstva znanosti i obrazovanja Republike Hrvatske i Sveučilišta u Zagrebu. Za znanstveno-stručne rezultate dodijeljena joj je Nagrada Josip Juraj Strossmayer Zagrebačkog velesajma i Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti te Plaketa Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Odlukom Hrvatskoga nacionalnog odbora za povijesne znanosti i Društva za hrvatsku povjesnicu – za predani dugogodišnji znanstveno-nastavni rad i značajna postignuća na polju historiografije – sveučilišna profesorica Mirjana Matijević Sokol bila je laureat Nagrade „Ivan Lučić“ za životno djelo (2018.). Zbog iznimnih pak doprinosa Sveučilište u Splitu dodijelilo joj je prestižno priznanje – počasni doktorat (dr. h. c.) – 2022. godine, a Senat Sveučilišta u Zagrebu održan 9. studenog 2023. dodijelio joj je počasno zvanje professor emerita Sveučilišta u Zagrebu.

Od 2001. do 2016. zaposlena kao konzervatorica savjetnica u Konzervatorskom odjelu u Puli, Ministarstva kulture i medija RH. U tom razdoblju sudjeluje u nizu istraživačkih kampanja i projekata rekonstrukcije srednjovjekovnih lokaliteta te izrađuje brojne konzervatorske studije (samostan sv. Marije kod Bala, lapidarij u Balama, crkva sv. Mihovila kod Vodnjana, komunalna palača u Motovunu, samostan sv. Mihovila u Kloštru kod Limskog kanala, samostan i crkva svetog Andrije i dvorac Hütterott na otoku svetog Andrije kod Rovinja i dr.), pri čemu o lokalitetu Sv. Mihovil Banjolski objavljuje monografiju 2017. godine. Iste godine preuzima dužnost voditeljice Kuće fresaka u Povijesnom i pomorskom muzeju Istre, novoosnovanog odjela za istraživanje, muzealizaciju i prezentaciju kulturne baštine izvan muzeja. Od 2021. predaje Zaštitu arheoloških spomenika na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Puli te vodi stručnu praksu studenata na Odsjeku za povijest umjetnosti Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Rijeci.

Sudjelovala u nacionalnim i međunarodnim projektima, uključujući IRCLAMA (Međunarodni istraživački centar za kasnu antiku i srednji vijek Sveučilišta u Zagrebu, 2007. – 2009.), REVITAS (IPA Slovenija – Hrvatska 2007. – 2013.), CROMART (Hrvatska zaklada za znanost, 2014. – 2018.), a trenutno je jedan od istraživača na projektu ROMAC (Romanness in Medieval Adriatic Culture, Sveučilište u Zagrebu, 2021. – ). S dr. sc. Ivanom Matejčićem, izv. prof. u miru, od 2013. uređuje ediciju Umjetnička baština istarske crkve (slikarstvo, kiparstvo, arhitektura i primijenjena umjetnost od 4. do 18. stoljeća), u sklopu koje se pojavljuje i kao autor tekstova o romaničkoj skulpturi u monografiji Kiparstvo od 4. do 13. stoljeća – Scultura dal IV al XIII secolo, 2014. Od 2019. glavna urednica online baze istarske kulturne baštine izvan muzeja PATRIMONIO CULTURALE ISTRIANO, a od 2024. voditeljica je muzejskog dijela projekta TERRA GOTHICA INCOGNITA (INTERREG Hrvatska-Slovenija, 2024. – 2027.).

Njezini znanstveni interesi sežu od ranosrednjovjekovne do kasnosrednjovjekovne umjetnosti i arhitekture u Istri (osobito kamena plastika i druge liturgijske instalacije, suodnos srednjovjekovne ikonografije i liturgije, utjecaj srednjovjekovnih rukopisa na kamene reljefe), a bavi se i konzervacijom srednjovjekovnih lokaliteta sa zidnim slikama. Autorica je izložbi, konzervatorskih studija, encikopedijskih natuknica te popularnih, stručnih i znanstvenih radova i knjiga iz područja zaštite spomenika, srednjovjekovne skulpture i arhitekture.